Już w 1776 r. Mecenas uczelni Hugo Kołłątaj, wówczas członek Komisji Edukacji Narodowej, postulował utworzenie Wydziału Rolnictwa w ramach zreformowanej Akademii Krakowskiej. Departament istniał przez bardzo krótki okres w latach 1806–1809 z powodu rozbiorów Polski, które zakończyły istnienie suwerennego państwa polskiego. Ponad 80 lat później w 1890 r. Na Wydziale Filozofii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Collegium Iuridicum utworzono trzyletnie Studium Rolnicze.Collegium GodlewskiegoProfesor Emil Godlewski został kierownikiem badań w 1892 roku. To dzięki jego staraniom Collegium Agronomicum zostało zbudowane w latach 1906–1910 na potrzeby badań rolniczych. Budynek, nazwany później jego imieniem, jest obecnie siedzibą biura Rektora i Senatu Uniwersytetu. Studium istniało do 1923 r., Kiedy zostało przekształcone w Wydział Rolniczy Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1924 r. Wydział zaoferował pierwszy w Europie wyższy kurs akademickiej współpracy. Studia trwały cztery lata, a absolwenci uzyskali tytuł licencjata. W tym samym roku odbyły się kursy ogrodnicze, które później przekształcono w trzyletnie studium ogrodnicze.Druga wojna światowa spowodowała znaczne straty na Uniwersytecie, najpoważniej wśród pracowników Wydziału Rolniczego (patrz: Operacja Sonderaktion Krakau). Pomimo znacznych trudności związanych z okupacją niemiecką prowadzone były tajne kursy agronomii, kierowane przez tymczasowego dziekana Anatola Listowskiego. Po wojnie Wydział wznowił działalność w styczniu 1945 r. W 1946 r. Przemianowano go na Wydział Rolnictwa i Leśnictwa, a później (1949 r.) Przekształcono w dwa odrębne wydziały.W 1953 r. Wydział Rolnictwa i Leśnictwa stał się Wyższym Kolegium Rolnictwa. W 1963 r. Wydział Nauk o Zwierzętach wyodrębnił się z Wydziału. Dalszy rozwój Uniwersytetu nastąpił w kolejnych latach. Utworzono nowe wydziały: Wydział Melioracji (1955) z Wydziałem Geodezji (od 1960); Leśnictwo (reaktywowane w 1963 r.) Oraz Wydział Ogrodnictwa.Na mocy dekretu Rady Ministrów z dnia 28 września 1972 r. Wyższa Szkoła Rolnicza stała się Uniwersytetem Rolniczym. Utworzono nowy dział Mechanizacji i Energetyki w Rolnictwie, a później w 1977 r. Zmieniono go na osobny wydział.Oddział pozamiejski zwany Wydziałem Ekonomii i Handlu Rolnego został utworzony w Rzeszowie w 1973 r., A następnie przekształcony w Wydział Ekonomiczny - Oddział w Rzeszowie. Obecnie od 1 kwietnia 1997 r. Odzyskał status Wydziału Ekonomicznego. Wydział Technologii Żywności został utworzony na Wydziale Rolniczym w 1974 r., A dwadzieścia lat później stał się odrębnym Wydziałem Technologii Żywności.
