Dès 1776, le patron de l'université, Hugo Kołłątaj, alors membre de la Commission nationale de l'éducation, a postulé la création d'un département de l'agriculture au sein de l'Académie de Cracovie réformée. Le département a existé pendant une très courte période entre 1806-1809 en raison des partitions de la Pologne qui ont mis fin à l'existence de l'État polonais souverain. Plus de 80 ans plus tard, une étude agricole de trois ans a été établie à la Faculté de philosophie de l'Université Jagellonne en 1890, au Collegium Iuridicum.Collegium GodlewskiegoLe professeur Emil Godlewski est devenu chef de l'étude en 1892. C'est grâce à ses efforts que le Collegium Agronomicum a été construit en 1906–1910 pour l'étude agricole. Le bâtiment, plus tard nommé d'après lui, est maintenant le siège du bureau du recteur et du Sénat de l'Université. L'étude a existé jusqu'en 1923, date à laquelle elle a été transformée en Faculté d'agriculture de l'Université Jagellonne. En 1924, la Faculté a offert le premier cours coopératif universitaire supérieur en Europe. Les études ont duré quatre ans et les diplômés ont obtenu un BSc. La même année, des cours d'horticulture ont été offerts, transformés plus tard en une étude horticole de trois ans.La Seconde Guerre mondiale a causé des pertes considérables à l'Université, surtout au sein du personnel de la Faculté d'agriculture (voir: Opération Sonderaktion Krakau). Malgré les difficultés considérables posées par l'occupation allemande, des cours secrets d'agronomie ont été organisés, dirigés par un doyen temporaire, Anatol Listowski. Après la guerre, la Faculté a repris ses activités en janvier 1945. En 1946, elle a été rebaptisée Faculté d'agriculture et de foresterie, et plus tard (1949) transformée en deux facultés distinctes.En 1953, la Faculté d'agriculture et de foresterie est devenue le Collège supérieur d'agriculture. En 1963, la Faculté des sciences animales s'est séparée de la Faculté. Le développement ultérieur de l'Université a eu lieu au cours des années suivantes. De nouvelles facultés ont été créées: la Faculté de mise en valeur des terres (1955) avec la Division de géodésie (depuis 1960); Foresterie (réactivée en 1963) et Faculté d'horticulture.Par décret du Conseil des ministres, le 28 septembre 1972, le Collège supérieur d'agriculture est devenu une université d'agriculture. Une nouvelle division de la mécanisation et de l'énergie en agriculture a été formée et transformée plus tard en faculté distincte en 1977.Une succursale en dehors de la ville appelée Faculté des sciences économiques et du commerce agricole a été créée à Rzeszów en 1973, puis transformée en Faculté des sciences économiques - succursale de Rzeszów. Actuellement, depuis le 1er avril 1997, elle a retrouvé son statut de faculté d'économie. Une Division de technologie alimentaire a été créée à la Faculté d'agriculture en 1974 et est devenue une Faculté de technologie alimentaire distincte vingt ans plus tard.Entre 1923 et 1990, plus de 26 000 étudiants ont obtenu leur diplôme de l'Etude agricole, puis de la Faculté d'agriculture de l'Université Jagellonne et de l'Université agricole de Cracovie, dont 260 sont devenus professeurs associés ou titulaires, dont près de la moitié dans des établissements d'enseignement supérieur. ou des instituts de recherche. 8105 étudiants ont poursuivi des études à l'Université d'agriculture au cours de l'année universitaire 1995-96, dont 5582 étudiants internes et 2523 étudiants externes.
